Tā kā tā molekula satur N-S saites, Kathon iedarbojas baktericīdā veidā, pārtraucot saites baktēriju un aļģu proteīnos. Saskaroties ar mikroorganismiem, tas strauji kavē to augšanu; šis inhibīcijas process ir neatgriezenisks, izraisot mikrobu šūnu nāvi. Pirms šūnu nāves ar Kathon{3}}apstrādātie mikroorganismi vairs nespēj sintezēt fermentus vai izdalīt adhezīvas bioplēves vielas. Iekļūstot bioplēvē, kas pielipusi pie aukstā ūdens sistēmas aprīkojuma virsmas, Kathon efektīvi kontrolē mikroorganismus zem bioplēves.
Kā izotiazolinona atvasinājums Katona mijiedarbība ar dažādām baktērijām ir plaši pētīta. Kā heterociklisks savienojums, tā baktericīdais mehānisms galvenokārt nav -oksidatīvs, balstoties uz heterocikla aktīvo daļu, veidojot ūdeņraža saites ar DNS bāzēm baktēriju proteīnos, adsorbējoties uz baktēriju šūnas un tādējādi izjaucot DNS struktūru, padarot to nespējīgu vairoties un izraisot šūnu nāvi.
